Os perigos químicos nos alimentos podem estar associados a produtos químicos adicionados ao género alimentício ou naturalmente presentes no alimento na sua composição. Os perigos químicos são em regra os mais temidos pelo consumidor.

O controlo deste tipo de perigos pode passar pelas boas práticas, nomeadamente a adopção de esquemas de produção integrada na produção primária, análises periódicas ao género alimentício, tal como no despiste de pesticidas no controlo da água de captação própria, adopção de materiais próprios para o contacto com alimentos, entre outros.

São exemplos de perigos químicos:

• Resíduos de pesticidas e produtos fitofarmacêuticos;
• Antibióticos e outros medicamentos veterinários (nitrofuranos, cloranfenicol);
• Hormonas (testosterona, progesterona, zeranol, entre outros);
• Aditivos alimentares;
• Metais pesados (chumbo, mercúrio, entre outros);
• Resíduos de agentes de higienização;
• Nitrosaminas (provenientes do uso de nitratos como conservantes);
• Resíduos de químicos provenientes da manutenção de equipamentos (óleos, massas consistentes, entre outros);
• Entre outros.