Os perigos biológicos são os que apresentam o maior risco à inocuidade do género alimentício. Estes incluem os microrganismos (bactérias, fungos e leveduras) assim como as toxinas microbianas (ocratoxina A, aflatoxinas, histamina, entre outros), os vírus, parasitas e pragas.

No entanto, nem todos os agentes biológicos devem ser considerados como prejudiciais, importa distinguir entre agentes biológicos que causam alterações benéficas nos alimentos (como o caso das leveduras no fabrico de vinho, pão e cerveja), estes só são considerados um perigo quando a fase do processo onde estão inseridos esteja fora de controlo; agentes que podem causar um risco na saúde do consumidor; e agentes que interferem na qualidade comercial e tecnológica do produto.

São exemplos de microrganismos patogénicos (microrganismos que podem causar um risco na saúde do consumidor):

• Salmonella spp. (S. typhimurium, S. enteriditis);
• Listeria monocytogenes;
• Clostridium botulinum;
• Escherichia coli;
• Staphylococcus aureus;

O controlo deste tipo de perigo pode ser efectuado através das boas práticas, controlo, registo e uso adequado do binómio tempo/temperatura no processo, circuitos de marcha em frente, entre outros. No entanto, tal como nos perigos químicos e físicos, o controlo destes perigos deve ser parte integrante do plano HACCP e encontrarem-se devidamente fundamentadas as medidas adoptadas.